La papaina è un enzima proteolitico, appartenente alla classe delle idrolasi, che si estrae dal frutto immaturo della papaia (Carica papaya). La papaina fu isolata per la prima volta da C. papaya nel 1879 ed è stata spesso usata come modello negli studi di struttura per altre proteasi, come la bromelina. Catalizza l'idrolisi di proteine, con alta specificità per i legami peptidici, ma con preferenza per gli amminoacidi con catena laterale ingombrante in posizione P2. Non accetta Val in posizione P1.