La Copa Perú 2003 fue la edición número 32 en la historia de la competición y se disputó entre los meses de febrero y diciembre. El torneo otorgó un cupo al torneo de Primera División y finalizó el 18 de diciembre tras disputarse el partido de vuelta de la final que consagró como campeón a la Universidad César Vallejo. Con el título obtenido este club lograría el ascenso al Campeonato Descentralizado 2004.