In juni 2006 hield D66 een intern referendum over het lijsttrekkerschap van de partij bij de Tweede Kamerverkiezingen van 2006. De aanleiding voor de verkiezingen was het aftreden van Boris Dittrich na zijn optreden bij het debat over de Task Force Uruzgan. Na de val van het kabinet-Balkenende II werden de lijsttrekkersverkiezingen vervroegd. Leden konden hun voorkeur duidelijk maken op het partijcongres van 24 juni 2006 of via een poststembiljet. Slechts leden die voor 29 mei 2006 lid waren hadden stemrecht.