Dalam biologi, fagolisosom atau endolisosom adalah suatu badan sitoplasma yang dibentuk oleh perpaduan dari fagosom dengan lisosom dalam suatu proses yang terjadi selama fagositosis. Pembentukan fagolisosom sangat penting untuk penghancuran mikroorganisme dan patogen intraseluler. Hal itu terjadi ketika membran fagosom dan lisosom 'bertemu', isi dari lisosom — termasuk enzim hidrolitik — dikeluarkan ke dalam fagosom dengan cara yang eksplosif dan mencerna partikel yang telah dicerna fagosom. Beberapa produk pencernaan adalah bahan yang berguna dan dipindahkan ke sitoplasma; yang lain diekspor dengan eksositosis.