タンパク質-リガンドドッキング（タンパクしつ-リガンドドッキング、英: Protein-ligand docking）は、分子モデリング技術である。タンパク質-リガンドドッキングの目的は、リガンド（低分子）がタンパク質受容体や酵素に結合したときの位置や配向を予測することである。製薬研究では、様々な目的のためにドッキング技術を採用していて、特に薬剤候補を選択するために、利用可能な化学物質の大規模データベースのバーチャルスクリーニングで顕著である。 タンパク質と相互作用する低分子またはペプチドの部位、形状、エネルギーを計算するいくつかのタンパク質-リガンド・ドッキング・ソフトウェア・アプリケーションが利用可能である (AutoDock、AutoDock Vina、rDock、FlexAID、Molecular Operating Environment、Glideなど)。