Comme c'est le cas pour d'autres plantes à fleurs, la taxonomie du genre Banksia se réfère aux propriétés anatomiques et morphologiques des fleurs, des fruits et des graines, ainsi que des caractéristiques secondaires telles que la structure des feuilles et le port de la plante. Le genre appartient à la famille des Proteaceae, sous-famille des Grevilleoideae, tribu des Banksieae et sous-tribu des Banksiinae, aux côtés de son proche parent, Dryandra. La classification infragénérique actuellement en vigueur est fondée sur la monographie d'Alexander Segger George publiée en 1999 pour la série des volumes de la Flora of Australia, et reconnait deux sous-genres, trois sections, 13 séries, environ 77 espèces, 6 sous-espèces et 18 variétés. Des analyses cladistiques ont jeté le doute sur certains