Il singolare maschile del Mutua Madrileña Madrid Open 2009 è stato un torneo di tennis facente parte dell'ATP World Tour 2009. Andy Murray era il detentore del titolo. Il match di semifinale tra Rafael Nadal e Novak Đoković è stato il più lungo match sui tre set dell'era open, superato solo dalla semifinale dei giochi olimpici 2012 tra Federer e Del Potro, che però nel set decisivo non comprendeva il tie-break. È durato più di 4 ore e si è concluso con la vittoria di Nadal per 3-6, 7-6(5), 7-6(9). La finale si è conclusa con la vittoria di Roger Federer che ha sconfitto Rafael Nadal 6–4, 6–4.