El fraccionamiento celular o fraccionamiento subcelular es una técnica de laboratorio, tras la disgregación, en la que se intenta reagrupar las partículas, generalmente células u orgánulos celulares, en función de sus propiedades biofísicas.​ Mediante el fraccionamiento celular se consigue separar conjuntos homogéneos, por lo general de orgánulos, a partir de una población heterogénea de células.