Francisco José Ayala (* 12. března 1934 Madrid) je americký biolog a filozof španělského původu, působící v současnosti na univerzitě v kalifornském městě Irvine (University of California, Irvine). V rodném Španělsku studoval Univerzitu v Salamance a původně se chtěl věnovat dráze katolického duchovního. V roce 1960, po vysvěcení na kněze, vstoupil k dominikánům, ještě týž rok se však duchovní dráhy zřekl. V roce 1961 univerzitní studia úspěšně dokončil a vycestoval do USA. Na Columbijské univerzitě v New Yorku pokračoval v dalším studiu, jež završil ziskem doktorátu v roce 1964. V roce 1971 získal státní občanství USA.