Der Millstone River ist ein kleiner Fluss in New Jersey, er ist der größte Nebenfluss des Raritan River. Der Fluss entspringt im westlichen Monmouth County und fließt in nördlicher Richtung durch zuerst durch das Mercer County und dann durch das südliche Somerset County. Dabei durchfließt er Teile des und wird bei Princeton zum aufgestaut. Seit etwa 200 Jahren gibt es Aufzeichnungen über die etlichen Überschwemmungen im Millstone River Basin. Eine der heftigsten und gut dokumentierten wurde im September 1999 durch den Hurrikan Floyd verursacht.