San José Mogote est un site archéologique mésoaméricain des Zapotèques, de l'Époque préclassique, situé dans la branche nord de la vallée d'Oaxaca au nord-ouest de Monte Alban, au Mexique. Il a été occupé de 1400 à 500 av. J.-C. Ce site a été exploré au XXe siècle par une équipe de l'Université du Michigan, dirigée par Kent V. Flannery. L'étude du site a permis de mieux appréhender, tout au long du Préclassique, le passage de petits villages à structure égalitaire vers des centres de plus en plus grands, avec une différenciation sociale de plus en plus marquée.